孙承宗数年心血毁于一旦，明朝在山海关及其关外的军事形势顷刻陷入一场新的危机。只是由于以袁崇焕为首的广大将士的浴血奋战，才使明军在天启六年正月、天启七年五月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”，奇迹般地挡住了后金的凶猛进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。
    崇祯二年（1629），皇太极率军避开宁锦，假道内蒙，从喜峰口突入塞内，相继攻陷遵化、迂安、滦州、永平，直指北京。且行反间计，使崇祯帝囚系并最终杀害了袁崇焕。此事所谓“己巳虏变”。一时，明廷乱作一团。而袁崇焕的下狱，又导致军心涣散，将士东归。在此危难之际，明廷再次起用孙承宗，“诏以原官兼兵部尚书守通州”，统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。其后协调各路军队，联合行动，经数月艰苦作战，取得“遵永大捷”，并于崇祯三年（1630）五月将后金军驱逐出关。
    孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年（1631）七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，动工筑城才二十
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