扭转了原先的那种颓败之势，且整个形势变得越来越好。正当他锐意恢复之际，却遭到了来自魏忠贤的打击。
    孙承宗功高权重，誉满朝野。魏忠贤为长久把持朝柄，一心想把孙承宗也拉到自己一边，故进行过多次试探，但均遭到拒绝，由此怀恨在心。天启四年（1624）十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，报请以十一月十四日入朝贺万寿节，并面奏机宜。魏忠贤得知，恐其拥兵“清君侧”，大惧，“绕御床哭，上亦为心动”，当即命内阁拟旨，以“无旨擅离信地，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用这件事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛逆显然”，但熹宗没予理会。
    天启五年（1625）八月，柳河之败，导致了孙承宗的去职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯?的话，派兵渡柳河，袭取耀州，中伏遭败。阉党借机小题大做，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗气极，连上二疏，自请罢官。九月，返乡。
    孙承宗辞职以后，兵部尚书高第出任辽东经略。高第为一文人，既不懂军事，也没打过仗。他一到任上，即一反孙承宗的部署，下令拆撤宁锦防线。关外驻防将士除镇守宁远的袁崇焕拒不从命外，其他诸城均撤一空。因而使
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