郑敦谨并未回京交旨，走到清江，他声称有病不能回京，只打发两个助手代他复旨。按照朝廷规制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。随后朝廷下谕旨命其回京，但郑敦谨坚持以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。郑敦谨的两个助手回京后，颜士璋被放到兰州作替补知府，旋即回籍赋闲；而伊勒通阿随后也奉旨回乡颐养余年。

    而会审官孙衣言给马新贻写的神道碑铭更是耐人寻味。碑铭称，“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”孙衣言为江苏候补道，马新贻的亲信，他自始至终参与了刺马案的审理。此文一出，震惊朝野，舆论大哗，仁曦太后自然明白其中大有隐情。但是，又奈之若何？前后介入的审讯官员已达五十余位，审案也已长达八个月之久。马新贻已作古，朝廷无非加恩赐恤，以慰忠魂。仁曦太后又发布上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏。又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。

    对于朝廷的处理结
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