随着党部的成立，国民党开始依托党部在根据地内发行报纸，组建学校，秘密发展组织，宣传国民党的政策法律，特别是整风运动以来，各个根据地均有过激行动，这些行动被国民党党部抓住和利用，向当地gcd政府发动政治和宣传进攻，两党由此产生无数纠纷。
    中共方面也开始反击，一方面利用抗日统一战线，向国民党部渗透；另一方面则发动群众，对顽固不化的党部实行孤立；冈村宁次对河北敌后根据地进行大扫荡，少数亲共党部随部队撤进太行山，其余党部纷纷溃散，成员大部被俘，其中少数牺牲，多数被关押或送到关外满洲作苦力，极少数投敌当了汉奸。
    此外，gcd还发现，党部中大部分人员不是军统便是中统，根本不是中央党部派出的党务人员。这些特工利用党部身份在根据地大肆活动，让当地政府投鼠忌器，很难处理。
    国民党由此指责中共畏敌如虎，临敌溃逃，暗中与倭寇勾连，出卖敌后根据地人民；中共方面则反驳，认为日军集结重兵围剿敌后根据地，证明了敌后抗战的巨大作用，敌后抗战分担了日军50%的兵力，同时反过来指责国民党，认为国民党在各地的党部与日寇勾结，在日军进攻时向日军提供情报，配合日军的围剿。
    两
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