广东水师予以截获后，广东巡弁李炎山等上船查验属实，船主亦无可置辩，由于罪证确凿，日轮船主承认违法罪行，服从惩处。于是弁员将船货暂时扣留，一齐带回黄埔，以凭照章充公；并且撤去船所挂的日本国旗。

    本来事情至此，应该算是结束了。但日本政府却和葡萄牙殖民者及英人赫德进行干预，串通一气，抵赖、反扑。

    十六日，日本驻华公使林权助向清外务部发出抗议照会，硬说“二辰丸”拥有运载军火进入澳门的准单因此不是走私船；该船并未在中国领海卸货该地属澳葡领海。反诬清政府越境截捕商船，“显示违约，举动野蛮”，要求清政府“速放该船，交还国旗，严罚所有非法之官员，并陈谢此案办理不善之意，以儆效尤”。

    葡公使柏德罗也于十七日照会清廷外交部，指该船被拿，有违葡国所领沿海权，并有碍葡国主权。

    最初，中国主张“二辰丸案”由中日双方按照海关章程进行审理，但日方断然拒绝。其后，清廷外务部又通知日本公使，拟请英国舰队司令对此案进行“公断”，也遭到日方的拒绝。

    面对日本和葡国的外交压力，清廷一再让步。

    二十一日，清外务部照会日本公使，对“二辰丸”上日本
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