尔耕、许显纯将锦衣卫内部的高级人员，基本上全部都换了个遍，有的被逮捕审查，有的被闲赋在家。

    东厂同样也展开了一场大清洗，之前李进忠接管东厂的时候，清洗的并不完全。这次李进忠几乎也将东厂高级人员全都换了一遍。

    大清洗过后就是大换血，空出的职位，首先进行了结构上的优化。空缺人员，一律从基层提拔上来，然后进行系统的思想灌输。

    锦衣卫和东厂的糜烂，就是因为高级人员产生了自己的思想，才会欺下罔上，蒙骗皇帝。基层人员的思想相对单纯，而且容易洗脑。同时也因为他们得到提拔，忠诚性要比原先的人员要高得多。

    改革还在持续，最大的变化就是朱由校提高了锦衣卫和东厂的人员待遇，俸禄提高了一大截。

    普通锦衣卫、东厂特务，每月俸禄达到了三两白银，一石大米，基本上衣食无忧。高级特务，每月俸禄普遍都有几十两，上百两。

    经费方面则除了皇帝拨款，锦衣卫和东厂未来的查抄活动当中，都可以留下一成作为发放俸禄和提高待遇所需的经费。

    东厂和锦衣卫毕竟是特务部门，是需要专业技能的。所以朱由校又成立了一个培训班，专门研究总结、培训情报收集
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