队分为两个系统，第一个是卫所制，这是沿袭几百年的军队编制，另外一个就是卫所制度逐渐不适应形势之后出现的总兵领兵制度。

    郑勋睿不打算突破这个制度，他计划将两种制度结合起来。

    按照郑家军所处的地域，郑勋睿将郑家军分为三块，南直隶为第一块。山东为第二块，陕西为第三块，分别以第一军、第二军和第三军称呼。在第一军、第二军和第三军的基础之上，设立旅一级的建制，以一万人左右的军士为一个旅，旅直辖营，每一营依旧是两千人左右的编制。

    如此郑家军就形成了以军、旅、营为骨干的编制，不过关于军、旅、营的编制称呼，仅限于郑家军内部，对外是不公开的，避免引发皇上和朝廷过度的猜忌。

    第一军、第二军和第三军都是混合型编制。包含有骑兵营、神机营、炮兵营、执法营、斥候营、骑兵营等等，第一军有专门的女兵营。第二军有专门的水师。

    每一军之中，单独设立炮兵旅。突出炮兵的重要作用，第二军之中单设水师旅。

    南直隶的第一军辖下四个旅，山东的第二军下辖五个旅，陕西的第三军辖下三个旅，每一旅由参将直接指挥，辖下五个到六个营，每一营由游击将军直接指挥。

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