蒙古人入主中原建立元朝，为了取得汉族士人的支持，对道教表示了尊崇。金朝时期，邱处机率领弟子西游中亚三万五千里，机遇了成吉思汗，对其讲述了“治国安邦要以敬天爱民为本，长生久视要以清心寡欲为要”等治国养生之术。
    成吉思汗因十分崇敬邱处机，封他为国师，请其掌管天下道教，诏免道门赋役。邱处机回到燕京后即着手“立观度人”，救济饱受战乱的广大民众，为全真道在元代的大发展奠定了基础。
    全真道经由尹志平、李志长相继掌教，进入了鼎盛期：一是道门兴旺，门徒众多，高道辈出；二是以燕京为中心修建了大量宫观，遍及中原大地；三是宋德方主持重修了《玄都宝藏》。
    随着元朝统一全国，全真道也南下传教，先来到武当山，再传至江南各省，并与金丹南宗逐渐合流，李道纯、陈致虚等南宗大师都主张并推动金丹南北宗的合并。全真道和金丹南宗都以内丹理论为基础，以东华帝君王玄甫、正阳帝君钟离权、纯阳帝君吕洞宾等为始祖，有共同的理论渊源。
    元惠宗时期，伯颜专权，无所事事的惠宗皇帝把所有心思都用于修心养性上。他主持合并了全真道和金丹南宗，形成新的全真教，并把丘处机的传戒制度作为全真教的出家
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