为王的念头，在劝说无效的情况下，他断然采取了强硬措施，于万历三十七年(1609年)三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
    面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。万历三十九年(1611年)八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。
    也有传言说，舒尔哈齐实际上是被胞兄努尔哈赤秘密暗杀的。
    舒尔哈齐被幽闭后，努尔哈赤对性情温和、毫无野心的阿敏极为重用和善待，在万历四十四年（1616年）登基为汗时，将他与自己的亲子代善、莽古尔泰和皇太极一起册封为“四大贝勒”，且在平日里待之如亲子，完全没有因为其父舒尔哈齐的事而
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