助长了朝野上下的派别纷争愈演愈烈。
    1621年(天启元年)，公鼐看到改元后不到半年，御史因进言而受到责罚的有十几人，连续两次上疏，对皇帝及辅臣加以规劝。但是此时的熹宗已被宦官魏忠贤操纵，公鼐得到的是“谯责”、“忏旨”。做为两任皇帝老师的公鼐对专权乱政的魏忠贤之流深恶痛绝，加之编纂《光宗实录》一事触怒魏忠贤，“群小恶其害已，尽力排挤，不得大用”。
    魏忠贤逐渐专权乱政的情况下，天启初，性格耿直的礼部右侍郎、詹事府詹事的公鼐成为受打击的对象，在帝党、后党、宦官、朝臣的斗争中，刚直峻介的公鼐不愿陷入相互攻讦的党派斗争，又不允许宦官魏忠贤诬陷忠良，为纠正魏忠贤等人散布的流言蜚语，他愤然上书熹宗，要求由他主持编纂《光宗实录》，秉笔直书光宗政绩和宫闱中委曲隐秘之事，“存其真不存其伪”，“以成一朝信史。”熹宗没有批准他的建议。
    与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯和方从哲等人，他们被称为"浙党”。另外还有什么"秦党”，成员都是陕西籍的官僚，还有什么"齐党”、"楚党”、"宣党”，都是以首领的籍贯命名的。"秦党”的政见与"东林党”相吻合，其他各"党”都与"浙党”声
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