声追论公鼐与三才为姻，徇私妄荐，在朝廷魏忠贤的一手操控下，礼部侍郎公鼐被罢官削职。
    对于后妃干政和宦官专权，东林党人始终加以反对，哪怕是削职罢官，逮捕问罪也坚持不改。在“争国本”事件和以后发生的“梃击”、“红丸”、“移宫”三案中，东林党人都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者。
    东林党人还在“京察大计”中力图整肃吏治。“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用。万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是赵南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎
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