这些星区之间，称为战列舰队，这些战列舰队的任务就是保护他们隶属的星区，每支战列舰队都是以他们所属的星区命名，例如哥德战列舰队就是隶属于歌德星区，卡迪亚战列舰队就是隶属于卡迪亚星区等等
    每支战列舰队都包含巡洋舰与战列舰，通常是由5o艘到75艘不等，接着是数个战队的护卫船舰，然后是大量的运输挺、信差船舰、轨道防卫平台以及星系内巡逻舰等等，战列舰队内的船舰主要任务就是遏止海盗的势力、保护贸易航线、运送帝国防卫军前往战区、保护机械神教的探索舰队，同时从轨道上提供火力支持或是对抗入侵的敌军
    由于要护卫的星区广大，战列舰队通常拆散为由一到两艘巡洋舰以及数个战队护卫舰所组成的特遣舰队，如果情况过特遣舰队所能处理的范围，则会呼叫更多援军前来
    有时战列舰队会部署在小规模的地方，例如亚米基多顿战列舰队就只负责守卫亚米基多顿次星区，并在第三次亚米基多顿战役间投入了四艘战列舰、二十七艘巡洋舰以及过三十六个护航舰战队，太阳战列舰队只部署在太阳系，负责保卫两个神圣世界泰拉以及火星
    战斗机中队
    许多帝国海军主力舰可以搭载星际战机中队，这些战机的编制非常多样
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