其中世界生物的行为受到系统权限的规定，真实的世界也并没有什么抵抗组织，所有活着的人都被泡在营养液里面。一开始所有的人都被设置在矩阵系统里面，但后来鉴于某些人的反抗情绪会导致矩阵系统运行的不稳定，就把这些人的大脑都接入真实机器世界中智能程序运行的那个系统中。影片中把这个系统称之为,其中设立了zion，把那些反抗者集中到这个系统中来，并使其成为一个矩阵进化的工具是现实的巨型电脑管理程序以个体智能生命身份出现在矩阵中的形式。
    杜星河最后给方雅君总结道。机器和人类其实是共生关系，机器的原本计划就是这样的：机器从人类那里获得能源。机器提供人体存活的营养，人类的思维生活在机器创造的matrix中。
    但这个计划暴露出了两大缺点：
    1,并不是所有人类都愿意生活在matrix中。
    2,并不是matrix中的所有程序都是为机器原来的目的而存在的。
    由于存在这两种情况，matrix必须是一个能不断升级的系统，于是the-one被设计了出来，机器的想法是：在现实中建造锡安城，让只愿生活在真实中，而不愿生活在matrix中的人都集中到锡安，并让the-
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